Stéphane Beel begon zijn architectuurstudie aan het Sint-Lucasinstituut (1974-79) en voltooide zijn studies aan de academie (1979-80), beide in Gent. In 1983 liet hij zich voor het eerst opmerken met een radicaal voorstel voor het Europakruispunt in Brussel. Het ging om een inzending voor de Prijs Paul Bonduelle die hij als lid van Team Hoogpoort samen met Xaveer De Geyter, Willem Jan Neutelings en Arjan Karssenberg ontworpen had. Hun ontwerp onderscheidde zich van de ontwerpen door de plek als een uitdaging expliciet leeg te laten. Waar de andere ontwerpen de plek als een litteken in het stadweefsel zagen en deze dan ook zo natuurgetrouw trachtten te herstellen, liet het team Hoogpoort de plek open (op een enkel gebouw na) om te kunnen functioneren als een stadsfoyer waar alle verschillende stadsactiviteiten elkaar ontmoetten. Alle leden van het team waren direct dan wel indirect sterk beïnvloed door Rem Koolhaas en zijn Office for Metropolitan Architecture (OMA).
Naast het baanbrekende ontwerp voor het Europakruispunt, heeft hij ook het nieuwe Rubenspaviljoen op de Wapper in Antwerpen ontworpen, evenals het ontwerp voor de nieuwe uitbreiding van de Universiteit Gent dat hij samen met Xaveer de Geyter uitdacht. In Machelen-aan-de-Leie heeft hij het Roger-Raveelmuseum ontworpen, waardoor een overtuigende architectonische integratie van werk van Roger Raveel in de gebouwde omgeving tot stand is gebracht. In Kortrijk ontwierp hij Universiteitsgebouwen B en D van de Kulak, het nieuwe gerechtsgebouw en bouwde hij, samen met Lieven Achtergael, de Tacktoren om tot een kunstencentrum.
Naast zijn eigen bureau, werkt Stephane Beel ook nauw samen met Lieven Achtergael. Samen leiden ze het bureau Beel-Achtergael architecten. Ze realiseerden reeds de Tacktoren in Kortrijk (1994-1999), hetCentraal Museum in Utrecht (1994-1999), het Gerechtsgebouw in Gent (1998-2006), het JOC Rabot (JOC Minus One) in Gent (2002-2007) en Villa V te T (2006-2009) Momenteel werkt het bureau aan het Militair Hospitaal Oostende, het Militair Hospitaal Antwerpen, de renovatie en herontwikkeling van het Cultureel Centrum De Warande in Turnhout en een fuifzaal in Turnhout (eveneens op De Warande-site).
Beel slaagt erin een mooie harmonie te vinden tussen beglazing en gesloten bouw. Ook zijn bureau gaat over een groot werkterrein van privéwoningen tot ontmoetingscentra. Toch past hij zijn stijl aan aan de omgeving en mogelijkheden bij een eventuele bestaande bouw. Opvallend is zijn neiging tot horizontale ontwerpen die sterk voorkomen bij zijn privéwoningen. Veel van zijn ontwerpen stralen eenvoud en simplisme uit, al zijn er wel enkele buitenbeentjes.
Een leuk voorbeeld van zo een buitenbeentje is het woningenproject Kanaalsite Wijnegem:
Dit pareltje van een villa mag zeker niet ontbreken.
Ook deze vrijstaande woning heeft een speciale toets.